La transmission
Le salarié dispose de 48 heures pour transmettre son arrêt : les volets destinés à la caisse d’assurance maladie à celle-ci, et le volet employeur à l’entreprise. Un retard peut entraîner une réduction des indemnités journalières par la caisse.
Ce qui est versé, et par qui
- La Sécurité sociale verse des indemnités journalières après un délai de carence de trois jours, sous conditions d’ouverture de droits.
- L’employeur peut être tenu à un maintien de salaire complémentaire dès lors que le salarié remplit les conditions d’ancienneté prévues (article L1226-1), après un délai de carence propre et pour une durée qui croît avec l’ancienneté.
- La convention collective peut prévoir un maintien plus favorable : dans le BTP, c’est fréquemment le cas.
- La subrogation permet à l’employeur de percevoir directement les indemnités journalières lorsqu’il maintient le salaire.
L’effet sur les congés payés
Depuis la loi du 22 avril 2024, un arrêt pour maladie non professionnelle ouvre droit à l’acquisition de congés payés, à raison de 2 jours ouvrables par mois et dans la limite de 24 jours ouvrables par période de référence (article L3141-5-1). L’employeur doit en outre informer le salarié de ses droits à congés dans le mois suivant sa reprise. C’est une évolution récente que beaucoup de compteurs internes n’intègrent pas encore.
Ce qu’il faut faire dans le planning, tout de suite
Poser l’arrêt sur la durée connue, avec son motif. Trois conséquences en découlent immédiatement : la personne cesse d’apparaître comme affectable et n’est plus annoncée par erreur sur un chantier ; sa cible d’heures sur la période est ajustée ; et les heures ne sont plus imputées aux chantiers où elle devait intervenir, ce qui évite de conclure à une dérive là où il n’y a eu qu’une absence.
C’est le geste le plus souvent omis, parce que l’arrêt part d’abord au cabinet comptable et que le planning est mis à jour « plus tard ».
Questions fréquentes
Peut-on remplacer un salarié en arrêt ?
Un arrêt prolongé se saisit-il en une fois ?
Mis à jour le 1er septembre 2026. Information générale rédigée à partir des textes cités ci-dessous : ceci ne constitue pas un conseil juridique. Vérifiez la version en vigueur des articles avant de vous en prévaloir, et rappelez-vous qu’une convention collective ou un accord d’entreprise peut prévoir des règles différentes. Sources : Code du travail, article L1226-1 (Légifrance), Loi n° 2024-364 du 22 avril 2024, article 37 (congés et maladie), ameli.fr — arrêt de travail et indemnités journalières.
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